Unit Pentadbiran dan Sumber Manusia

Unit Pentadbiran merupakan jentera penggerak segala aktiviti yang dijalankan oleh semua jentera pentadbiran. Di samping itu, ia juga bertanggungjawab melaksanakan segala keputusan yang dibuat oleh Lembaga. Seterusnya, ia bertangungjawab mengawal dan menyelaras semua aktiviti-aktiviti yang dijalankan oleh bahagian-bahagian lain.

Unit Sumber Manusia bertanggungjawab mengenai perlantikan, kenaikan pangkat, disiplin, tatatertib dan persaraan. Ia juga bertanggungjawab dalam aspek kebajikan , latihan dan kursus kepada kakitangan.

Unit Kewangan

Unit Kewangan bertanggungjawab menyediakan anggaran perbelanjaan tahunan  bahagian pentadbiran Yayasan Islam Perlis dan unit-unitnya di samping mengawasi segala pendapatan, perolehan dan harta-harta wakaf serta menguruskan peruntukan perbelanjaan yang diluluskan.

Unit Pembangunan Ekonomi

Unit Pembangunan Ekonomi dipertanggungjawab merancang dan meningkatkan pembangunan ekonomi, pelaburan dan pemasaran saham yang tidak menyalahi undang-undang bagi mendapatkan keuntungan. Melalui keuntungan itu Yayasan Islam Perlis dapat menjalankan kegiatan-kegiatan amal dan kebajikan pada masa hadapan di samping meningkatkan lagi pemilikan harta umat Islam dan pencapaian ekonomi.

Unit Pendidikan dan Dakwah

Unit Pendidikan dan Dakwah dipertanggungjawabkan menyedia dan menggalakkan institusi-institusi asuhan dan pendidikan Islam; menyediakan kemudahan untuk melanjutkan pelajaran peringkat tinggi di dalam dan luar negeri dalam bidang pengajian Islam; menyediakan dan menjalankan program dakwah ke arah meningkatkan kefahaman dan penghayatan Islam; menyedia dan melahirkan pemimpin yang berkebolehan membentuk dan memajukan masyarakat Islam.